整備新幹線は、国や自治体の補助を受けて、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「鉄道・運輸機構」と記す）が建設主体として建設を行います。完成後は鉄道・運輸機構が保有し、営業主体であるJRが貸付料を支払い、借り受けて営業を行います。

JRは受益の範囲を限度とした貸付料（線路使用料）を支払います。この貸付料は新幹線開業によるJRの増益分に該当すると想定されることから、収支改善効果と同等とされています。

毎年度の建設事業費は国と地方自治体とＪＲの負担とされています。公共事業関係費と既設新幹線(東海道新幹線等)譲渡収入の一部(年額７２４億円)及び平成２５〜２９年度上期までの既設新幹線譲渡収入を返済原資とした借入金を国の分とみなし、地方自治体はその半分を負担し、ＪＲは新幹線建設に伴う受益の範囲を限度とした貸付料を支払うこととなっています。