整備新幹線は、国や自治体の補助を受けて、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構(以下「鉄道・運輸機構」と記す)が建設主体として建設を行います。完成後は鉄道・運輸機構が保有し、営業主体であるJRが貸付料を支払い、借り受けて営業を行います。
JRは受益の範囲を限度とした貸付料(施設使用料)を支払います。この貸付料は新幹線開業によるJRの増益分に該当すると想定されることから、収支改善効果と同等とされています。

整備新幹線の建設費用は国、地方自治体が負担するとされています。建設費用から貸付料等を除いた分の3分の2を国が負担し、3分の1を地方自治体が負担します。JRは新幹線建設に伴う受益の範囲を限度とした貸付料(施設使用料)を支払うこととなっています。 また、平成25年度からは貸付料の前倒し活用分も財源に盛り込まれるようになりました。